1.権利行使時の資金負担
ストックオプションを権利行使する際、株式取得のための資金が必要となります。その際、行使株数が多い場合や値の高い株式の場合は、かなりの資金負担が生じてしまいます。

2.業績の向上と株価の上昇が連動しないケース
安定株主の占める割合が高い場合や、株式市場全体が下落傾向にある場合などは、企業の業績が上がったにもかかわらず株価があまり上昇しないことも考えられます。

3.上級職層の株式売却難
トップマネジメント層は、自社株を売却しにくいという問題点もあります。株式を売却することにより、インサイダー取引と見なされるおそれや、投資家心理に大きなネガティブイメージを与えてしまうことが考えられます。